Die erste Wiener Türkenbelagerung 1529 fällt in eine Zeit der Umbrüche. Der Vormarsch des Osmanischen Reiches, befeuert durch die Eroberung Konstantinopels und dem Ende des Byzantinischen Reiches 1453, erreicht vor den Toren Wiens seinen Höhepunkt. Im Zuge der Belagerung wird Vösendorf vollständig zerstört, auch das Schloss wird schwer in Mitleidenschaft gezogen. Von den damals 800 Einwohnern überleben, soweit überliefert, nur 20. Es wird Jahrhunderte dauern, bis die damalige Einwohnerzahl wieder erreicht wird. Die Verteidigung Wiens war erfolgreich, doch der expansionistische Drang der Herrscher am Bosporus war nicht gestillt.

Der Hegemon im Osten streckte immer wieder seine Fühler nach Zentraleuropa aus. Über Jahrhunderte standen sich die Habsburger und Sultane gegenüber, bis der Konflikt bei der zweiten Wiener Türkenbelagerung 1683 erneut am Scheideweg angekommen war. Auch hier war Vösendorf, an den südlichen Toren Wiens gelegen, ein grausames Schicksal beschert. Von den 400 Einwohnern überlebten urkundlich nur 42. Die erfolgreiche Verteidigung der Stadt war der Ausgangspunkt für den Aufstieg des Hauses Habsburg zur europäischen Großmacht in der angebrochenen Neuzeit. Nach der Belagerung wurden Anstrengungen unternommen, Vösendorf wiederzubeleben. Ab 1694 ließen Gräfin Maria Josepha Starhemberg und ihr Mann, Graf Ernst Rüdiger von Starhemberg, Höfe und Gebäude wiedererichten. Zudem wurden Zuwanderer mit Abgabenerlässen angelockt und dauerhaft angesiedelt.